Neben der Befestigung, durch welche die Burg geschützt wurde, hatte auch die Innenstadt ihre Stadtmauern, die ab dem 13. Jahrhundert gebaut worden waren. Bis heute blieb deren Teil oberhalb des Teiches Vajgar, unterhalb der hinteren Front der Häuser auf dem Platz des Friedens erhalten. Vom Minoritenkloster an (neben der Kirche des Hl. Johannes des Täufers), wo die Reste von Parkan und Schutzwall erhalten sind, erstreckte sich die Befestigung empor in Richtung Schützenhaus. Hier pflegte das Prager Tor zu stehen und von ihm aus führten die Stadtmauern mit dem Graben weiter durch die heutige Hus-Parkanlage zu einem Ort, wo heute eine Villa steht. Bis heute erinnert daran die Gasse Na Hradbách (An der Stadtmauer).
 
Gegenüber einem Wasserbecken im Park blieb von den ursprünglichen Stadtmauern die umgebaute Halbkreisbastei erhalten. Die Reste der Stadtmauer sind auch auf dem Weg vom Park aus den Fluss Nežárka entlang  in Richtung zum Tor Nežárecká und an der Hinterfront des ehemaligen Jesuitenkollegs ersichtlich. Von der Brücke zwischen dem Kleinen und Großen Teich Vajgar aus ist die ursprüngliche Prismenbastei zu sehen, auch Bestandteil der Stadtbefestigung, die bis heute in Renaissance- und Barockausführung erhalten blieb. Ihr unterer Teil ist gotisch. In der Stadtbefestigung waren einst drei Tore, von denen nur das Tor Nežárecká unterhalb des Museums erhalten blieb. Die Gasse Rybniční (Teichgasse), die vom Platz des Friedens zum Teich Vajgar hinführt, wurde unten mit dem sog. Teichtor mit Wappen und einer Kettenbrücke abgeschlossen, die Gasse Panská (Herrengasse) an den Stellen des heutigen Schützenhauses mit dem Prager Tor (Neustadttor). Die Tor wurden in den 20er Jahren des 19. Jahrhunderts abgerissen, als sich die Stadt von der mittelalterlichen Befestigung trennen wollte und sich nach außerhalb der Stadtmauern erweiterte.